Important de precizat este faptul că Aeroportul este obligat să transfere Administraţiei de Stat a Aviaţiei Civile câte 1 euro pentru fiecare pasager deservit (suma anuală constituind mai mult de 16.000.000 lei).
Taxele existente s-au format în decursul a mai bine de 15 ani, de când aeroportul a devenit o unitate economică de sine stătătoare şi sunt justificate de costurile operaţionale existente, inclusiv necesitatea modernizării aeroportului, lărgirea terminalului, perfecţionarea proceselor operaţionale ş.a.
Reducerea substanţială a mărimii taxelor în Aeroportul Chişinău poate fi posibilă numai datorită aportului financiar strategic al unui investitor privat (proiectul de atragere a investitorului strategic este în derulare), sau cu ajutorul statului. În cazul subvenţionării din partea statului, suma alocată ar fi consecutiv dedusă proporţional din mărimea taxelor.
În cazul oferirii unor reduceri substanţiale, nejustificate, la taxele aeroportuare, Aeroportul se va solda cu un deficit financiar major, având drept consecinţă incapacitatea de a acoperi cheltuielile pentru lucrările de mentenanţă a Aeroportului, care va fi nevoit, prin urmare, să-şi limiteze capacitatea operaţională, ceea ce este absolut inadmisibil din punctul de vedere al siguranţei zborurilor.
La momentul actual, reducerile la taxele aeroportuare sunt oferite companiilor aeriene fără discriminare, în baza principiilor şi practicilor acceptate unanim pe întreg spaţiul aviatic al Uniunii Europene.
În cazul acordării unor înlesniri substanţiale, nejustificate, oricărei companii aeriene în detrimentul altora, Aeroportul poate fi impus, prin hotărârea instanţei de judecată, să compenseze prejudiciile directe şi indirecte ale companiilor aeriene, cărora aceste reduceri nu le-au fost oferite.
Unica excepţie poate reprezenta în această privinţă, scutirea, în mod individual, până la 100% de toate taxele, pentru o perioadă de timp de până la un an, în cazul curselor transcontinentale operate. La moment, Aeroportul duce tratative cu un investitor asiatic, privat, cointeresat să opereze cursa de tranzit către New York, cu aterizarea LA Chişinău, din martie 2013.
