Apariţia acestei mănăstiri pe malul Nistrului a fost provocată de reformele domnitorului Alexandru Ioan Cuza, cel sub care au fost unite principatele Moldovei şi Valahiei pentru a forma statul românesc modern. Mănăstirea Noul Neamţ a apărut în urma conflictului dintre călugării de la Neamţ şi autorităţile civile, care au pus în practică secularizarea averilor mănăstireşti.

Cuza şi secularizarea averilor mănăstireşti

La mijlocul secolului XIX, mănăstirile din Moldova şi Valahia deţineau aproximativ un sfert din terenurile arabile, averi acumulate începând din perioada medievală prin donaţii de la voievozi şi familii boiereşti. Încă din anul 1859, imediat după alegerea sa ca domn al Principatelor Unite, Alexandru Ioan Cuza a intrat în conflict cu autorităţile mănăstireşti pe care a încercat să le supună plătirii de impozite. Multe din mănăstirile din Principatele Unite erau supuse mănăstirilor greceşti, iar călugării greci au încercat în repetate rânduri să se folosească de influenţa pe lângă Imperiul Otoman pentru a obţine sprijin împotriva lui Alexandru Ioan Cuza. Mulţi dintre călugării greci au încercat să scoată din ţară documente sau obiecte de patrimoniu, ceea ce a dus la conflicte repetate cu autorităţile civile. Cuza a mai încercat şi să impună folosirea exclusivă a limbii române în slujbele bisericeşti în locul limbii slavone sau a celei greceşti. În anul 1863 au fost confiscate prin lege moşiile mănăstirilor, care au constituit Domeniile Statului şi o parte din aceste terenuri au fost folosite pentru împroprietărirea ţăranilor.

Conflictele de la Mănăstirea Neamţ

Începând din 1859, călugării de la Mănăstirea Neamţ s-au opus măsurilor administrative prin care guvernele lui Alexandru Ioan Cuza au încercat să impună folosirea exclusivă a limbii române sau să inventarieze averile mănăstireşti. După ce mai mulţi călugări de la Neamţ au fost arestaţi, în septembrie 1861, un număr de zece călugări sub conducerea ieromonahului Andronic au trecut Prutul în Basarabia ţaristă. Aici Mănăstirea Neamţ avea mai multe moşii, iar călugării fugari s-au stabilit pe moşia de la Chiţcani. Mai târziu, li s-au alăturat alţi 22 de călugări plecaţi de la Neamţ, iar printre aceştia se număra şi Teofan Cristea, al cărui nepot, Miron Cristea, avea să ajungă mitropolit al Ardealului şi primul patriarh al Bisericii Ortodoxe Române.

Primii ani au fost grei pentru călugării care au trecut Prutul. Autorităţile din România au revendicat pentru Mănăstirea Neamţ moşiile pe care doreau să se aşeze călugării plecaţi, dar ţarul Alexandru al II-lea şi Sinodul Bisericii Ortodoxe Ruse au aprobat ridicarea unei noi mănăstiri pe moşia Chiţcani de către călugării plecaţi de la Neamţ. În ucazul ţarului se arată că mănăstirea de la Noul Neamţ trebuie să se supună Mănăstirii Neamţ din România, Mitropoliei Moldovei şi Sinodului de la Moscova.

Suferinţe în timpurile sovietice

Mănăstirea Noul Neamţ a reuşit să fie un centru al credinţei în perioada ţaristă, iar în 1917 a avut parte de întâlnirea cu bolşevicii, care au bombardat clopotniţa mănăstirii. În 1945, stareţul Axentie Munteanu a fost arestat şi trimis în lagăr, de unde nu s-a mai întors. În 1962, Mănăstirea Noul Neamţ a fost închisă, transformată în spital de tuberculoşi, bisericile – în depozite, iar clopotniţa – în muzeu al armatei sovietice.

Viaţa monahală a fost reluată la Noul Neamţ după 1989, primul stareţ al mănăstirii de după prigoana sovietică fiind regretatul Dorimedont (Cecan), hirotonit mai târziu ca Episcop de Edineţ şi Briceni. În 2007, când s-a săpat mormântul pentru PS Dorimedont, în partea stângă a catedralei de la Noul Neamţ au fost descoperite moaştele călugărului Isachie, tipograf şi legător de cărţi, mort la 1880 – după cum scria pe cărămida pusă sub craniu.