După 10 aprilie 1903, viaţa lui C. Stere a fost legată definitiv de cariera univer¬si¬tară. În această zi senatul universitar a recomandat numirea lui ca profesor titu¬lar, el urmând să predea Dreptul constitu¬ţio¬nal şi administrativ. Savantul Ion Căpreanu în excepţio¬nalul studiu „Eseul unei restituiri. C. Stere” (Iaşi, 1988, pag. 89-91) consemnează:
„În octombrie 1901, este numit rector al Universității din Iași Constantin Climescu, personalitate de prestigiu din viața universitară, științifică și culturală, om cu vederi înaintate, atașat învățământului, în care Stere a găsit un sprijin real. Catedra de Drept Constituțional și Administrativ a fost scoasă la concurs nu după mult timp, iar Ministerul Cultelor și Instrucțiunii Publice a aprobat înscrierea pentru concurs a dosarelor lui Constantin Stere și Paul Negulescu. În ședința senatului universitar și a colegiului facultății de drept din 10 februarie 1903, la propunerea lui C. Climescu, s-a adoptat hotărârea ca o comisie, condusă de profesorul Matei B. Cantacuzino, care, în conformitate cu articolul 61 din regulamentul pentru numirea docenților, agregaților și profesorilor universitari, să procedeze la cercetarea lucrărilor candidaților și să prezinte rectorului un raport detaliat și motivat asupra lor. (Ion Căpreanu… Arhiva Universității „Al. I. Cuza”, Iași, Dosar nr.4/1898, fila 8)
Momentul numirii lui Constantin Stere ca profesor titular reliefează într-o importantă măsură geneza stării de spirit conflictuale în care va trebui să-și desfășoare ulterior activitatea didactică și social-politică. Senatul universitar, unit cu colegiul facultății de drept, în ședința din 10 aprilie 1903, a luat în discuție raportul profesorului Matei Cantacuzino, care în final îl recomandă pe „…domnul profesor suplinitor C. G. Stere pentru catedra susmenționată. (Ion Căpreanu, Arhiva Universității „Al. I. Cuza”, Iași, Dosar nr.4/1898, fila 87)”
Și tot acolo găsim miezul unui conflict de durată, re¬marcabil prin faptul că s-a manifestat deschis ostili¬ta¬tea profesorului A. C. Cuza, ostilitate care n-a scăzut în intensitate atâta timp cât ul¬timul a fost în viaţă: „În urma prezentării raportului profesorului Cantacuzino, a intervenit profesorul A. C. Cuza, ce manifesta de multă vreme antipatie față de Stere și care n-a obiectat cu privire la numirea acestuia ca profesor titular, dar a observat că și Paul Negulescu este bine apreciat în raport, iar pe lângă aceasta are titlul de doctor, fiind vechi elev al Școlii „Des Hautes Etudes” și docent al Universității din București. Pentru a împiedica titularizarea lui Stere la catedra universitară, A. C. Cuza considera că trebuie să fie recomandat și Paul Negulescu, ex aequo, iar Ministerul Cultelor și Instrucțiunii să numească pe cine va considera îndreptățit din cei doi. Cuza ar fi dorit ca ministerul să-l accepte pe Negulescu, – și în direcția aceasta era capabil să acționeze prin manevre de culise -, zădărnicind rămânerea la Facultatea de Drept a lui C. Stere, care l-ar fi pus în umbră cu personalitatea sa. Dr. Rigler, membru al senatului universitar, a exprimat același punct de vedere ca și A. C. Cuza. Astfel lupta de păreri a crescut în intensitate tot mai mult. A intervenit din nou eminentul profesor de drept Matei Cantacuzino, care a respins opiniile lui Cuza și ale dr. Rigler, remarcând că: „oricare ar fi titlurile Dlui Negulescu, Dl Stere îi este superior ca om de știință.” (Arhiva Universității „Al.I. Cuza”, Iași, Dosar nr.4/1898, fila 87).
Cu o majoritate de voturi, ședința unitară a senatului și consiliului facultății l-a recomandat pe Stere pentru postul de profesor la catedra de drept constituțional și administrativ a universității ieșene. Academicianul Iorgu Iordan, fost student a lui Constantin Stere, descrie astfel chipul profesorului îndrăgit, care a fost pentru el un model spiritual demn de urmat: „Am fost studentul lui în anii 1908-1909 şi 1909-1910. Cursul de Drept administrativ i l-am editat eu însumi, pe baza notelor luate lecţie cu lecţie. Apropo de asta, mi-aduc aminte că, la sfârșitul primei sale prelegeri, ni s-a adresat în felul următor: „Ştiu că cineva dintre auditorii mei multiplică cele ce spun eu la curs, ca să-şi ajute colegii la pregătirea examenelor. Rugămintea mea este ca acela dintre dumneavoastră care se gândește să facă acest lucru să vină la mine şi să-mi arate notele scoase în timpul lecţiei. Căci iată ce mi s-a întâmplat anul trecut. Văzând în vitrina unei librării un fel de carte intitulată Dreptul administrativ de C. Stere, mi-am procurat-o, „debursând" suma de 10 lei. Răsfoind-o acasă, m-am îngrozit! Cel mai vajnic duşman al meu nu-mi putea face un rău mai mare decât bietul tânăr care mi-a pus în gură, sub forma acestui aşa-zis curs, atâtea inepţii". În ciuda acestei recomandări, n-am avut curajul (mai târziu am spus nici politeţea) să-i prezint, ia sfârșitul anului, un exemplar din cursul litografiat. M-am temut că gestul meu ar fi putut fi interpretat ca un mijloc de a-i „capta bunăvoinţa” (înainte de examen)”. („Memorii”, București,vol. 1, 1976, pag. 168-170).
Cariera profesională a lui C. Stere, în¬cepută cu un prim succes prin recu-noaş¬terea superiorităţii lui asupra altui concu¬rent serios, Paul Ne¬gu¬lescu, a continuat prin ascen¬denţă până la ocuparea pos¬tului de rector al Uni-versităţii din Iaşi. În acest post el a fost ales la 26 feb¬ruarie 1913, pentru un ter¬men de trei ani. Şi primul lucru pe care l-a făcut a fost acela de a soli¬cita ajutorul ministrului in¬struc¬ţiunii publice în vederea do¬tării la-bora¬toarelor univer¬si¬tăţii cu uti¬lajul nece¬sar şi a unei mai bune organi¬zări a biblio¬tecii. Fondul ei, care număra 400000 de cărţi, nu fusese sistematizat. De aflarea lui Stere în pos¬tul de rector au beneficiat, mai întâi de toate, stu¬denţii basa¬ra¬beni, pe care el nu se sfia să-i ocrotească ca un părinte.
Cariera lui de rector s-a încheiat pe neașteptate. În 1916 erau foarte aprinse polemicile legate de viitorul României vizavi de războiul care se declanșase: să rămână neutră, să se alieze cu Antanta sau să meargă cu puterile Germania și Austro-Ungaria. C. Stere era de partea germanofililor. Istoricul Lucian Boia în cartea sa „Germanofilii” (București, 2017, pag. 354-355) descrie cum a pierdut alegerile rectorul C .Stere:
„Episodul următor se petrece la Universitatea din Iași. Măsurile luate de rectorul Stere, susținut de majoritatea membrilor senatului universitar împotriva studenților care boicotaseră o conferință a profesorului Virgil Arion (filogerman-I.C.), provoacă tulburări studențești și, în cele din urmă, suspendarea cursurilor. Scandalul luând amploare, Stere își dă demisia, în februarie 1916 (respinsă inițial de ministru, apoi, a doua oară aprobată). Intenția lui Stere era să se reprezinte, să obțină un nou mandat, și în felul acesta să iasă victorios din confruntare. În mod normal, trebuia să câștige („germanofilii” având o ușoară majoritate în universitatea ieșeană, în timp ce reacția multor profesori mergea, firesc, spre respectarea disciplinei universitare). A făcut însă greșeala – din orgoliu , probabil – să nu fie de față, retrăgându-se departe, în Elveția. S-a pierdut nu numai un vot, ci și influența pe care ar fi avut-o prezența sa asupra colegilor. În schimb ministrul Duca a făcut presiuni în sens contrar. Rezultatul a fost la limită. Stere a obținut 26 de voturi, în timp ce Al. Philippide, aflat tot pe lista lui, a ieșit în frunte cu 30 de voturi, urmat de Matei Cantacuzino, cu 29. Ministrul, care avea drept de alegere din primii trei, l-a numit pe Cantacuzino, și astfel Stere, dintr-un calcul greșit, a pierdut rectoratul.”
Aici drama lui abia începe. După 1918, lucrurile au luat o cu totul altă turnură. Învinuit de „trădare” pentru faptul că a colaborat cu autoritățile germane de ocupație și a scos ziarul „Lumina”, Stere este sus¬pen¬dat din învăţământ pentru 16 ani, iar, la 1 februarie 1936, a fost pensionat.
Preşedintele Societăţii Ginta Latină, doc¬torul Vlad Bejan, basarabean şi el, a propus senatului Uni¬versităţii din Iaşi să reconsidere „cazul Stere” în spiritul adevărului, acordându-i toate meritele de care a fost privat.
