Sediul, parte a Muzeului Zemstvei, este rezultatul unui proiect comun al Ministerului Culturii și oficiului UNESCO din Veneția, Italia, care a demarat în 2010.
Ideea creării acestei agenții datează din 2006, fiind o inițiativă a oficiului UNESCO de la Veneția, propusă în cadrul întrunirilor privind modalitățile de colaborare și rezolvare a problemelor legate de patrimoniul cultural avute cu experții din Moldova.
Yolanda Valle-Neff, directorul general al Biroului Regional pentru Știință și Cultură din Europa, a afirmat că „patrimoniul cultural nu este doar o problemă de identitate, nu doar ne amintește cine suntem și de unde venim. Interesul autorităților și al populației față de monumente spune foarte multe despre calea pe care dorește să înainteze o țară”.
Ion Ștefăniță, directorul general al Agenției, a menționat că „această instituție a dat o claritate situației reale din centrul istoric al orașului Chișinău, prin evaluarea monumentelor de arhitectură, și a celor 186 de cartiere cu statut protejat. În 2010-2011 s-a reușit evaluarea situației reale din domeniul patrimoniului istorico-cultural din toată republica, rezultatele fiind prezentate în publicațiile Agenției.”
Agenția a umplut golurile din cadrul instituțional și operațional în domeniul salvgardării patrimoniului cultural. Din cauza faptului că societatea nu realizează care este valoarea și importanța reală a patrimoniului cultural, în planul strategic al Agenției s-a fixat obiectivul pedagogic, de informare și reeducare a populației în domeniul patrimoniului cultural.
